فلسفى خود تعبيرات و اصطلاحات تازه‌اى در مسائل كلامى اظهار مىكرد و اين خود باعث دورى فقها از وى مىگشت و بالاخره ملا محمد تقى برغانى اين نكته را آشكار ساخت و شيخ را تكفير كرد ، به اين صورت كه در دعوتى كه در منزل علينقى ميرزاى ركن الدوله داشتند هنگام صرف غذا اين دو پهلوى هم نشسته بودند و ملا محمد تقى از شيخ فاصله و دست پهلوى صورت گرفته فقط از جلوى خود غذا برمىداشت . يعنى از سفره‌اى خاص نه سفرهء جلوى شيخ ، مبادا كه دست شيخ به قسمت ديگر رسيده باشد و ايراد او بر شيخ اين بود كه در معاد مذهب شيخ با مذهب ملاصدرا يكى است و در حقيقت علماى اعلام از كلمهء نامأنوس « هورقليائى » كه تازه شيخ دربارهء جسم انسان متداول كرده بود وحشت داشتند ( قصص العلماء چاپ 2 ص 42 و 43 ) ( اين كلمه را مرحوم دكتر معين در مجلهء دانشكدهء ادبيات به تفصيل توضيح داده است و تا اين مقاله انتشار نيافته بود ظاهرا هيچ‌يك از علماى اعلام نتوانسته بودند معنى آن را دريابند ) و عجب اين است كه تا اين جريان پيش نيامده بود علماء خيلى بر شيخ نمىپيچيدند و حتى او را به علم و فضل و قدس و تقوى مىستودند . پس از آن ظاهرا به استناد تأليفات او از او برگشتند و اكثر فقهاى وقت در طعن و تشنيع وى فروگذار نكردند ( ريحانة - الادب ج 1 چاپ 1 ص 81 ) بلكه برخى فضل او را هم انكار كردند . حتى آنها كه قبلا در مدح و تعريف او چيزى نوشته و سند كتبى به دست داده بودند . متأسفانه اساس اين عمل يعنى ، تكفير مردم هيچ‌وقت به سود اسلام نبود و هميشه باعث ازدياد نفاق و شقاق و دو دستگى شده است . به هرصورت بر سر شيخ همان آمد كه خود با جمعى از علماء من جمله ملاصدرا و ملا محسن فيض و محيى الدين اعرابى كرده بود . پس از اين جريان شيخ يك سال ديگر در داخلهء ايران يعنى كرمانشاه ماند و بعد عازم كربلا شد و چون علماى عراق نيز نسبت به او نظر خوشى نداشتند و احتمال برهم‌خوردن نظم عمومى مىرفت شيخ عازم مكه شد و با خانواده از عراق به حجاز حركت كرد . در سه منزلى مدينه مريض شد و در تاريخ يكشنبه 21 ذى القعدهء 1241 هجرى قمرى درگذشت و در بقيع مدفون شد . اما امروز از قبر او اثرى نيست . زيرا بقيع را به صورت ويرانه‌ترين ويرانه‌هاى عالم درآورده‌اند . شيخ را دو پسر بود به نام محمد و على . محمد مخالف مسلك پدر بود چنان كه شيخ ابراهيم پسر ملاصدرا نيز چنين بود . شيخ على نسبت به پدر مخالفتى نداشت و در مورد تكفير او مىگفت پدرم را شاگردانش ضايع كردند ( زنبيل حاج فرهاد ميرزا ) . پس از شيخ شاگردانش و من جمله حاج سيد كاظم رشتى عقايد او را بسط و توضيح دادند و اين خود باعث پيدايش فرقهء شيخيه شد كه مركز عمدهء آنها كرمان و تبريز و همدان بود . براى اطلاع مفصل‌تر رجوع شود به قصص العلماء و مكتب شيخى تأليف هانرى كربن به ترجمهء دكتر فريدون بهمنيار ( 1346 ) .